子犬の場合、下痢が続く時に考えられるのは・・・一番に疑うのはやはり、寄生虫ですね。
ですが、それは否定されるとの事。となれば、もしかしたら、抗生物質のせいかもしれません。
たぶん、くしゃみの症状を抑えるための処方であろうと考えられますが、抗生物質は腸内細菌も殺し
下痢を引き起こしてしまうこともあるのです。
この場合は、やはり主治医に指示を仰ぐこと方がいいと思います。
たぶん、下痢止めを投薬しながら治していくものと思われます。
また、寄生虫の検出は何度か検査しなければ検出できないこともあります。
何度か便を持っていかれるといいでしょう。

さて、食欲が低下していることですが、どちらかというと、下痢でお腹が痛いために食欲がないのではと考えます。
早めに下痢を治す方向で治療した方がいいでしょう。このまま全く食べなくなってしまう方が心配です。

また、投薬が原因かと・・・のことですが、子犬の場合、あまりそういったことと食欲がつながることは少ないのですね。
まぁ、どの程度投薬を嫌がっているかにもよりますが、大抵は、おいしそうな缶詰などに混ぜ込んで与えてしまえば
薬が混ざっていることも気づかないまま食べてしまう・・・ということが多いと思いますよ。