獣医師ではありませんがご参考まで。

全部を知っているわけではありませんが、私が知る限り、一般に動物園の技術レベルというのは、「腕の立つ個人より下、素人より上」です。個人で設備を維持できない相手については競争が生じませんので動物園が一番、になりますが・・・。また、むろんのこと、たまさかその動物園に、個人として腕が立つひとが勤務していればレベルは特異的に高まります。そのひとがいなくなったらダメダメになるので、システムとしてレベルが維持できているわけではありませんが・・・

動物園専用の病院といってもいろいろあります。組織の一部として病院が持てる規模の動物園もありますし、提携している獣医師にお任せという場合もあるでしょう。

動物園の立場からすると、コウモリというのは、「手に負えない」タイプの生き物です。腕の立つ個人と動物園の差が明確になりやすいものです。しかも普通種である、あるいは種の同定ができず希少種であると認識できないことが多いものでもあります。

ざっくり総合すれば、”素人”が扱うよりはマシ、でしょう。餌用の虫は確保できる、保温なりの基礎的な管理もできる、そのための資材もある、ケアする人手も得やすい、という程度。種の同定ができるかとか、種ごとステージごとの体重データが判っていてそれに基づいて体調管理できるかとか、飛行能力を伸ばすリハビリができるかとかいえば、ないとはいえないが期待薄、といったところでしょうか。

蛇足ながら。
関わられた動物園に限らず、相手に委ねたからにはそれで思い切るべきでしょう。経過を訊ねるのはちょっとルール違反です。
また、飛び回れないのであれば、健康状態が元気、ということはあり得ませんね。