やはり、何年も過ごした外が忘れられない、といったところではないでしょうか。
でも、くつろいで眠ったりしているのであれば、「ここは安全な様だ」ということはわかっているのでしょう。

それと、もともとの夜行性という生活がまだ身に染み付いているのでしょうね。
お仕事があり、難しいこともあるでしょうが昼間少し遊んであげたりすることで、起きているように工夫してみてもいいかもしません。
あるいは、猫の２階建てケージを利用し、それに入れて昼間の天気のいい日は日向ぼっこでもしてみるのもいいかもしれません。
これは、外を諦めるというのに逆行していると思われるかもしれないのですが、だからこそ、これからは外に出るのには
ケージに入ってるのが条件であることをわかってもらい、さらに外への欲求をある程度は満たすという意味では
良い方法と思います。

そしてもう一つ気になることがあります。
この猫さんは、かつて出産経験があるのでしょうか。いつも一匹で行動していた様でしょうか。
単独行動を好む動物ではあるのですが、意外と母親と娘の関係は良好に保たれ、常に行動をともにしていることもあります。
その場合であれば、もう一匹がいないことでの寂しさがあるかもしれません。
いかがでしょうか。

いずれにしても、お気づきの通り、完全に室内飼いに慣れるのには半年くらいの長い目で見ていただく必要があるでしょう。