詳しい検査をしていない、とのことですが、手術をするかどうかの判断をするためには、
発作の原因をある程度見極めるほうが良いと思います。
血液検査で門脈シャント等の疑いはないか確認し、
できればＭＲＩで水頭症および脳炎の兆候がないか確認すべきです。
通常、フェノバールで制御可能な特発性てんかんであれば、
他に問題がなければ避妊手術は十分可能です。
ただ、生後3か月で特発性てんかんを発症することは普通は考えづらいです。
チワワ特有の子犬の時の低血糖が積み重なって脳に器質的な障害が残ったのか、
他に発作の原因があるのか、そのあたりが、ある程度でもわからないと、
ちょっと気持ちが悪いですね。

ちなみに、個人的な経験で言うと、特発性てんかんと後天性門脈シャントをもった子の
避妊手術を行ったことがあります。
この子の場合は、通常は薬で発作が抑えられるのに、発情が来ると発作が起き、
さらに食欲不振等の不調が顕著に表れました。
そのため、麻酔等には十分気を使いながら、手術を行いました。
結果的には特に問題は生じず、その後は発情がなくなった分ＱＯＬが向上しました。
かように、この手の問題はリスクとメリットを両てんびんにかけて
判断を行わなければなりません。
そのためには、もう少し詳しい検査をされて、判断材料を増やすべきではなかろうかと思います。