＞ケージで飼うことは、猫にとってかわいそうなことではないでしょうか？それで心を開いてくれることに効果的なのでしょうか？

親猫から警戒する事を教えられている子猫ということになるのでしょうから、本筋から行けば譲渡するには早かったのでしょう。充分に人間になれてから譲渡する方が望ましいことではあります。
しかし、子猫も大きくなると貰い手もへってくるわけで、引き取り先が見つかることを優先されたというのも理解できない事ではありません。猫も馬鹿ではなく、餌をあたえてくれえる人間、決して虐めない人間というのがわかります。
何も警戒する事を学んでいない猫よりは、自分の周囲に警戒しなくてはならないことを知っている猫の方が事故にもあいにくいものですし、まして、自分からこの人間は信用できそうだと選択してきている猫は、かえってこちらを信用して甘えてくれるものです。
また、ケージで飼育するというそのケージの大きさをペットキャリーと同程度のものと考えていませんでしょうか？猫や小型犬を飼育するためのケージもショップへ行けば陳列されていますが、そのためのケージであれば大丈夫です。キャットショーに出るような猫達であれば、ずっとその中だけで暮らしていく事になります。
狭いケージに閉じ込めて飼うという考えが、すでに誤解なのだと思います。可哀想というのなら、警戒して怯え続けている事の方ですよ。
自分以外の存在が入ってくることの出来ない自分だけのスペースを確保してあげるというのは、猫の安心のためにも必要なことです。閉じ込めて何かをするのではなく、安心できる空間を与えてあげることが必要なのです。それが可能であるのなら、とくにケージである必要もありません。

＞一方で、一生なつかない猫もたくさんいると言われ、不安はあります。

私は懐かなかった猫をみたことがありません。野良猫で噛み付いてくるような猫も病気で動けなくなって保護されて治療をしようとして触ろうとすると噛み付いてくるという猫でも　治療しているうちには必ず、こちらの気持ちは通じるようになりました。
病院での治療に慣れない猫というのは、みな飼い主がいる猫です。人間との係わり合いが強すぎて、飼い主がいないと不安になってしまうという猫達です。自分と飼い主以外の存在をみとめることができなくなってしまっている猫です。これは飼い主さんがそのようにしてしまったということになります。
（意図的でも悪気があったわけでもないのですが。）
先週、私が遭遇した子猫達は、人間に触られるのが本日が始めてで、一度も人間から餌を与えられた事が無いという猫達でしたが、半日もしたら触らしてくれるようになっていました。


＞非常に臆病で、人を怖がる猫がなついてくれる方法や実際になついてくれた例をご存知でしたら、アドバイスをお願いします。

人間の都合に合わせて慣れさせるというアドバイスは、私にはありません。今、子猫がどのような気持ちでいるかを考えていれば、自ずからやるべきことはわかるように思います。
ワクチン接種ができる猫であれば、怯えているだけのように思えますし、時間だけの問題ではないのでしょうか？　飼い主さんが焦っているという事ではないのですか？



＞また、避妊手術も室内飼いですが、病気予防のために勧められました。
手術をするのはかわいそうだと思うのですが、どのくらいの割合の飼い主さんが手術を施しているのか、参考として教えてください。

私が教えてもらった限りでは、先週行った里親の会では、引き取られた猫の８割以上が避妊去勢手術を実施されているそうです。
むしろ、譲渡される際の条件に避妊去勢手術を実施することが必須となっているのが普通です。愛護団体でも動物病院でもなぜ手術をした方がよいのかの説明はあったと思うのですが、団体からではなく、個人から譲り受けたのでしょうか？
人間になれておらずに威嚇するというのであれば、個人の家で繁殖された猫とも考えられません。愛護団体も必要なことだからこそ手術をお願いしているはずです。

「かわいそう」という言葉を理由に用いておられますが、猫のことを本当に考えれば、そういう言葉を理由にしてしまうことの方が猫にとっては「かわいそう」な事に思われます。