一度きりの大きな音で兎が赤ちゃんを殺してしまうという事は考えにくいのですが、落ち着いて育児ができない場所だと受け取られてしまうと、起きる事もあるかもしれません。

兎は本来、多産な動物であって、しかも交尾排卵という受精しやすい特徴を有しています。この繁殖力をもって子孫を残すという生存戦略をもっているのですが、排卵し、かつ受精した卵の発育は同時にはおこりません。
受精卵が子宮に着床する時間に差があって、その差に由来する発育の相違が各胎児の間において存在します。母兎の生活する環境の変化があっても、赤ちゃんが生存する機会を増やすようにという受け取り方もあり、これとは異なって、そもそも最初から受精した卵の数だけ生まれてくる必要もない、多胎妊娠した数の中でもチャンスに恵まれた赤ちゃんだけが生き残ればよいという受け取り方もあります。
一腹赤ちゃん兎の中でも、大きさにはかなりの差があるはずであって、条件がよければ生き残る数が増え、条件が悪ければ少なくなるということです。母兎の方もそれを分かっていて、育たない赤ちゃんや死んでしまった赤ちゃんというのは、巣穴を汚すことになるので、死体を始末する事には躊躇いがありません。これも今生きている赤ちゃんを　できる限り守ろうとする行為ですから、母性とも一致するかと思います。
与えられた環境の中で、できるだけ子孫を残そう、今が駄目なら、次回へ繋げる方がよいというのであれば、そのような事が起きても兎という動物にとっては、不思議ではないと思います。