何度も申し上げておりますが、実際に診察をしなければ診断はくだせませんよ。

さて、「ブーブーと咳をします」とありますが、症状が合わないですね。
「ブーブー」やくしゃみは鼻、つまり上部気道の症状、咳は喉など下部気道の症状です。
犬の咳の症状は「喉に何か詰まったものを吐き出すようにカッという」というのが
わかりやすい表現です。
人のようにコンコンという訳ではありません。

ブーブーという鼻の症状に近い病名は「逆くしゃみ」です。
これは、人の「ハックション」という吐き出すくしゃみと違い吸い込む形のくしゃみです。
これであれば、心配いりません。
その症状の動画を撮って、主治医の先生に逆くしゃみではないかとお尋ねになってはいかがでしょうか。

また、先に気管虚脱の問題もあるようでしたが、この場合も原因は気管ですから
別のタイプの咳ということになります。
しかし、先程述べた「何か引っかかったような」という表現の少し大げさなものですから
「ブーブー」というより「ガーガー」という音に近いですね。
いかがですか？気管虚脱の診断は受けられましたか？

私としては、のり@さんの質問の内容は、主治医の先生にぶつけるべきことと思います。
疑問を解決しないまま持ち帰り、結局別の者に解決を求めるのでは
いつまでたっても主治医との信頼関係は成り立たないと思うのですよ。
ドクターショッピングをするのが悪いとはいいません。
でも、わからないことをお尋ねにならなければ、問題は解決しませんし
言葉のやりとりがなければお互いを知ることにはならないですよね。

次の診察の時に、まずは一つ勇気を出して質問してみましょう。
「ブーブー」という症状が何か解決するのではないでしょうか。