とっても敏感で頭のよいワンちゃんなんでしょうね。

うちの子もそうですが、興奮状態に入ってからコマンドに従うのは困難です。
遠回りに思えても、段階を踏む必要があります。
　・まずは室内で完全にできるようになる（寝転んでコマンドを出しても！）
　・人の少ない公園などでできるようになる
　・吠える対象がはるかかなたに見える状態でできるようになる
　・１０メートルくらいの距離でできるようになる．．．．．．．．
といった具合にです。

人間でもそうですが、犬にとっては、周囲の状況はとても重要です。
同じオスワリでも、室内でのオスワリは幼稚園レベルですが、大嫌いな犬とすれ違うときのオスワリは博士課程レベルだったりします。とにかく、刺激の少ない環境で丹念に練習を重ねましょう。

　実際には、普段の散歩で興奮の対象に会ってしまうわけですが、おやつで釣るのと同時に、リードコントロールにも工夫するといいと思います。「短めに持ちつつ、できるだけ張らない」です。短く持つのは、自由に動ける範囲が広いほど興奮がエスカレートするからです。また、飼い主が引っ張るとさらに興奮するので、張らないようにした方がいいです。

カフェに関しては、空いているときに行って慣らすようにしてはどうでしょう？
犬自身は別に「カフェに行きたい」なんて思ってないですし、今の時点で、わざわざ叱らなくてはいけない状況を作ることはないと思います。

＊ぱーるちゃんさんご指摘の「吠えているときにフードを出したり、フセ・マテをさせると逆効果」は、必ずしもそうではないと思います（経験上）。あくまでもタイミング＆やり方の問題です。一番有効のは、犬が「いつ吠えようか」と身構えるかどうかのタイミングで飼い主に注意を向けさせ、落ち着く姿勢（フセ、オスワリ）をとらせ、飼い主への注目を持続することだと思います。
　そのためには、犬の耳や足の動きに常に注意を払う必要があります。よく見ていれば、吠える前に耳がピクッと動いていたり、軽く前足を上げて立ち止まったりしていますよね？

．．．などという各論の前に、「動物はどのように行動を身につけるのか？」を頭におくと思います。
行動パターンが身につく理由は以下のどれかです。
　・ある行動をすることによって、嫌なことが起こる（消去）
　・ある行動をすることによって、嬉しいことが終わる（消去）
　・ある行動をすることによって、嫌なことが終わる（強化）
　・ある行動をすることによって、嬉しいことが起こる（強化）
これらを頭において、自分の犬への働きかけの結果を見直すと、きっと見えてくるものがありますよ。