まず、部屋やケージに入れることを「自由が奪われるからかわいそう」というお考えは改めていただいた方がいいでしょう。
犬でも猫でも、離乳を済ますまでは暗くて狭い場所で母親に育てられたのですから、自然とそういった場所を好んでいるはずです。

猫は押入れやクローゼットを開けると必ず入ろうとしますでしょ？場合によっては眠っちゃったり。
ダンボールも大好きです。
でも、大人になっていきなりケージに入れると、文句をいうのは確かです。

さて、今のメス猫さんの精神状態は不安定です。何でも怖いのです。怖いから身を守ろうと攻撃をするんです。
であれば、かえって部屋よりもっとせまいケージなどに入れ、「安心な」寝床がありゆっくり眠れる態勢を整えてあげる方がいいと感じました。
ケージは全面がワイヤーで丸見えとなりますので、場合によってはバスタオルや新聞でドアーの部分以外を覆ってみたほうがいいでしょう。
そして、食事など以外は接触しない方がいいかもしれません。

お薦めなのは、小型犬用のケージを縦長につなぎ、（もちろん間の仕切りは取り除き、行き来ができるようにします）
奥にバスタオルをかけて猫さんが過ごしやすいようにし手前はトイレや食事を置いて、世話がしやすいようにします。
奥にいてくれれば、トイレなどを取り替えるときに攻撃してこないかもしれませんしね。
落ち着きを取り戻してくれば、ちょっとずつ興奮することが少なくなってくることでしょう。

また、あまりにひどい場合は、かかりつけの獣医師に相談なさり、抗不安薬などを処方してもらう方がいいかもしれませんね。