「他に検査したほうがよいのでしょうか」という御質問なのですが、例えばどのような検査を想定されていますでしょうか？

口内炎ということで、ＦｅＬＶとＦＩＶの検査を実施されたということになるのでしょうが、これらの検査というのは、１回の陽性が悲観的なものでないのと同様に１回の陰性が完全な陰性を意味するわけでもありません。
口内炎自体が原因が特定されておりませんし、他のウイルスや細菌の関与も常に言われてきていることです。
したがいまして、「漠然とした他の検査」であれば、原因に行き当たる確率は低くなりがちです。疑う対象があって、その項目を検査するというのが望ましいと思います。そうでないと、白血球は増えていますがとくに他の異常はありませんというようなことで終わってしまうことも考えられなくはないですよ。
口内炎の原因となりそうなウイルスや細菌を想定して、そちらの検査が実施可能かを今罹っている病院と相談するようにした方が建設的なように思います。
また、街の臨床医ということになれば、あまり専門的な検査までは実施していないものです。これも臨床の分野が原因の究明よりも、症状の緩和や改善に主眼が置かれているためです。私は、むしろこちらの方面で主治医の先生に相談されたほうがよいのではないかと考えています。