それは、大変でしたね。もしかして、猫の方が、すでにどこかで犬に対して何かしらの体験をしてしまっているのかもしれませんね。

私のところにいる猫も、野良猫上がりの個体がおりまして、犬がやってくるとトイレも使わなくなり、洗面所の流しで排尿・排便までしたりします。そういう猫でも、やはり時間と経験で妥協はできるようになるようです。犬に関心がないような顔をしている猫もおりますが、いきなり面と向かって出くわすような場面がありますと、半端でなく驚くようです。
私としては、むしろ、犬を警戒することなくズイズイと近づいていく猫の方が恐いです。犬の方も一瞬どうしてよいのか分からないという顔をしていますが、次の瞬間で逃げてくれる犬と、猫にとびつく犬とがいます。とびつく犬に遭遇してしまったとしたら、猫の方もタダでは済みませんから、こちらが慌てなくてはなりません。
ですから、犬の危険性を承知している猫が、経験や学習によって、接し方を習得していってくれるというのが、一番安心できます。

子猫の方も恐いから、犬を追い出してしまいたいのでしょうし、犬の方もなぜ自分が攻撃されるのかとまどっているでしょうし、内心傷ついているかもしれませんね。
必ずしも同居しなくてはならない必然性には乏しいようですし、両者の葛藤を考えれば、そのような展開も選択肢の一つかもしれませんね。