口内炎になってしまって、まだ痛くて食べられないのかもしれませんね。
明日一日たっても食べないようならば、脱水が気になりますので、できれば再診して補液など必要でないか診て頂いて下さいね。

今後続くかどうかは…　うーーーん、それぞれですね。
もともとの骨格がなりやすい子（ネザーなどのまあるいお顔の子は、多少なりやすいとか。後は親がそうだと、遺伝的に骨格が似るのでなりやすいことも）なのか、餌が原因でなったのか、一過性か慢性化はケースバイケースだと思います。
たまたま片噛みしているうちに、左右のバランスが崩れて噛み合せがずれてひどくなってしまったのであれば、適正に歯科メンテナンスすることで、今後定期的なメンテナンスが不要かもしれません。でもそれは、経過観察してみなくては分かりませんね。
ただペレット食ならば、ペレットの見直しが有用かもしれません。
・繊維質の高いもの
・ソフトタイプである事。なおかつ、水をたらした時にふわっとほぐれるものを。
　牧草ペレットなども視野に入れてみてくださいね。
いずれにしても、しばらくは定期的に通って診て頂くことで、「何かあったらいけばいい」のか「2・3ヶ月ごとに診てもらい、麻酔ナシで出来るうちに処置してもらう」のか、見当がつくと思います。
そうやって、我が家の先代メスウサギは「2ヶ月毎に、切歯（前歯）を2ｍｍ」と言うのが定番になっていました。もっともこの子は、ペレット食から野菜食にかえたらメンテ不要となったのですが、どのウサギさんもそうかと言うと？です。たまたまこの子には、野菜食があったということだと思います。
不正咬合は、やはり食餌による影響も大きいので、あれこれ考えてみてくださいね。
もちろん、なるべく多くの牧草食べてくれれば、一番良いのですけれどね。