抗生物質の副作用というのは、手術の際点滴したところがしこりのようになったことでしょうか？　
もしもそうならば、我が家でも経験ありです。（背中でしたが）
それだけならば、少し時間はかかりますが、徐々に治ります。先生がおっしゃる副作用とは、摂取した部分の反応のことではないかと思います。
で、それと食欲が落ちているのは？？？です。
術後2週間たってからということですが、それまでは普通だったということですね？
抗生物質の投薬などは、申していませんよね？
術中、術後数日の抗生物質の投薬が腸内細菌に作用して、腸内細菌のバランスが崩れてというならば、もっと早くに調子が悪くなっている気がします。それとも徐々に下降線だったのかしら？
手術や抗生物質の投薬など、通常とは違うイベントがあった後ですから、うかつにお返事もできかねますが、飼い主さんがいつもと違う経過だと感じられるなら、やはりどこかおかしいのでしょう。
無理に連れて行くのも考え物だと思われるなら、一度電話でご相談してはどうでしょうか。いつもとは違う大イベントを経験した後ですので、十分に用心なさったほうがよろしいと思います。
術後の経過や投薬内容、それに伴う副作用の有無など、一番ご存知なのはかかりつけの先生ですから。今の状態から、もっと悪化する可能性があるかもしれないので診察したいと思われれば、つれてきてくださいとおっしゃるでしょう。