もう帰宅されてしまったでしょうか？

> 　しつけのためトイレマットの敷いたちょっと大きめの段ボール箱に
> 　入れてるのですが飛び跳ねたりがたがたして・・・

仔犬ですから、かおり様達の姿がみえないので不安で騒いでいるという
のもあると思います。
段ボールではなく、サークルに変えて人間の姿が見えるようにしてあげ
ると少しは落ち着くと思います。
サークルの中にトイレとベッド、水入れを置いて、居間等の人間がいる
場所にサークルを置いてあげてください。
その際トイレとベッドでサークルをほぼいっぱいにしてすき間をあけな
いようにするとトイレで排泄するようになります。

また、人が見えているにも関わらず吠える（夜泣きではなく）場合には
バシッと叱ってあげてください。
新聞紙を丸めたものなどでサークルの縁をたたいて『いけない！』と
叱り、鳴きやんだらすかさず褒めちぎってあげてください。

厄介なもの・・・と思って接すると犬にも伝わって、犬も不安な気持ち
になります。
一緒に暮したいと一度は思われたのですから、一緒に暮せるようにその
仔犬にかおり様の家のルールをたたきこむんだ、くらいの気概をもって
がんばってください。

里親を探されるにしてもすぐには見つからないでしょうから、せめて
上記の方法をお試しくださいませ。