膀胱炎に対する抗生剤の使用期間ですが、獣医師向けの成書では一般に３週間以上の使用がすすめられています。
これは中途半端な治療で起因菌が残っていると再発しやすくなり、薬の効果が悪くなるためと考えています。
ちなみに最近上梓された犬の診療最前線（インターズー社）では再発性の膀胱炎では４から６週間の使用を指示しています。

１日２回を１回に減数することについては、殺菌的な抗生剤では有効血中濃度以上の時間がある程度維持できれば１日の投与回数は１回でも大丈夫なはずですが、それでも場合によっては２回／日の投薬を行うこともあります。
尿路系の感染症でよく使用されている、ニューキノロン系の抗菌剤は本来１日１回の投与で発売されたのですが、効果が悪くなって来ているために本当に効いてほしい時には２回／日での使用をする場合があります。
ということで、返事になっているでしょうか？
抗生剤の使用方法は本来起因菌を調べて、その感受性の上に薬を選択すべきなのですが、人の検査センターの対応に問題がある場合も多く、また検査に時間と費用がかかり、患者負担を増大させてしまう問題もあって、なかなか理想通りの投与が出来ないでいます。