獣医師ではありませんがご参考まで。

　案じておられる通り、恐怖から吠える場合に禁止命令を与えるのは効果的とはいえません。
　ではどうすべきか、というと、簡単な方法はないと思われます。気長に、ご愛犬がイヌとしてふさわしい自信をつけるように仕向けることにります。が、いくら気長にやっても全く効果がない場合も有り得ます。

　とりあえずは、
　１　恐怖から吠えている時、叱らない。なだめる。これは微妙でして、ご愛犬が「誉められた」と感じてしまうと（誉めたつもりはなくても）、吠える行動が強化されてしまいます。誉めて貰うために吠える、ことになりかねません。叱るに近いと、他の犬＋叱られるの合計でプレッシャーが強くなりすぎ、選択の余地がなくなって吠え続けたりします。顔色を見ながら対応するが望ましいと思います。
　２　「吠えることと両立しない他の行動」を教えます。物を咥えるとか。当初は静かな環境で。そして、恐怖から吠える行動が１により軽減されてから、吠えそうな時に「他の行動」をやらせるようにします。できたら大いに誉めます。できないと無意味なので、「他の行動」が取れる程度には落ち着いている必要があります。
　３　少し異なる方向性として、他の犬との付き合う機会を与えます。大人しい雌犬に遊んでもらうなどして、「よその犬全部が怖いわけじゃない」と教え、大人しい雄犬にも遊んでもらうなどして、その範囲を広げてゆきます。

　以上ご参考まで。