>今飼育しているインコは現在「シード」「ペレット」「ボレー粉」を
>餌入れに混ぜて与えています。

ペレットはそれだけ与えていれば良いように
開発された餌でしょうから、通常は単独で与えますよね。
逆にシードで育てている場合にはカルシウムやミネラルを補うために
ボレー粉などが必要とされています。
3種混合して一つの餌箱で与えるのは…完全にペレット食に
切替わっていないからなのでしょうか？
我が家では病院通いの子はペレット食中心で気分転換の青菜、根菜類を少々です。
ボレー粉は与えていません。

>最後には容器ごとひっくり返してしまうので
>結局餌に混ぜるようになりました。
>
>「ボレー粉はペレットに含まれる他の栄養素を破壊しますので、
>必ず別容器を用い、単独で与えて下さい」と書いてあるのを見ました。

容器を固定できるように工夫すれば済む問題ですよね。
（我が家でもひっくり返す鳥には餌箱を固定します）
それとボレー粉の成分がペレットの栄養素を破壊する話は
もう少し根拠になる理由なり原典なりを教えてもらいたいです。
混ぜるのが悪いのなら別々に食べても体内で同じ事が起こると思うのですが？

シードなら毎日交換し常に新鮮なものを与えるもので、
逆にボレー粉は数日間は交換しなくても痛まないので、
通常は別の容器で与えましょう、という程度の意味ではないかと思うのですが。
我が家のシード食の子には毎朝シードにボレー粉を混ぜて与えていますが、
翌朝には残っていても全て捨てて新しいものにしています。