ＭＲＩとて万能ではありません。極端な話、輪切りにして見るだけのものです。
何かがある（腫瘍）、出血している、血管が詰まってその先が腐っている（梗塞）、形がおかしい（先天奇形等）
ぐらいしか判りません。感染や中毒がどの程度わかるものか・・・？？
けれども既にそれをされており、脳腫瘍、脳出血、脳梗塞、先天異常等の予後の悪い重症のものは除外されているわけですから、
あとは主治医の治療方針で（もちろん説明もよく聞いて）進めていけばいいのではないでしょうか。
セカンドオピニオンも大事だとは思いますが、どこの誰とも分からない人間の言うことを聞いて、
治療方針に注文をつけるのは、真剣にやっている主治医にとっては、すごく不愉快なはずですよ。
ＭＲＩなど設備が充実している病院が良い病院とは限りませんが、「わからない」と説明しているところに真剣さを感じます。

ここで読まれた事は、あくまでも参考意見に留めておいてくださいね。

自律神経失調や精神的なことで、そこまでの症状は出ないとは思いますが、
発症する前に家を空けたことは、先生には言いましたか。
診療のヒントになる事を報告する事が、すごく大事ですよ。
発作時の詳細を、ビデオで録画して持っていくとか、もしされてないのでしたら、実行してみてください。

早く完治することをお祈りしています。