こんにちはポチさん。
獣医師会としての指導・・という意味でしたら、無理だと思います。
（もともとなんの権限もないし、そもそも獣医師会に所属していなくても開業できますから。）
以前、どこかの地方でネコさんで避妊手術を失敗した際に（もちろん本人は死に）、裁判となり、９０万円程度の賠償金が支払われたことがあるそうです。
この時は、誤って卵巣を処理する糸で尿管が結紮されていたのが死因だったように聞いております。
裁判の時決め手になったのは、遺体を剖検した獣医師が問題の間違って結紮がしてある箇所をホルマリン標本として保存していたのが良かった・・と、聞いております。
診断書は大事ですが、証言をしてもらったりする時に後々煩わしくなることがありますから、写真や標本（つまり証拠）も残した方が良いかもしれませんね。

世の中○○獣医師会と名の付く団体は随分沢山ありますが、苦情相談窓口に当たる部署のようなモノを設けているところは殆ど無いようです。
もしも、避妊手術の後遺症（？）がトラブルの原因だったら、裁判で立証する必要が出てくると思います。それが立証できれば、裁判で問題の獣医師を「懲らしめる」事が出来るかもしれません。
もちろん、裁判は話がこじれてからやるモノですから、最初は（嫌でも）当事者同士で話し合いの場を持つようにしてください。

一つ気になったので補足を。
＞病気になった原因の炎症をおこしていた患部の奥に４年前の避妊手術の際に残された
と思われる糸が出てきました。
と、いう事でしたが、４年間も残存するくらいですから、絹糸などの非吸収糸を使用してのトラブルだと思います。
絹糸（他のモノでしたらワカリマセンが）で避妊手術をすること自体は、そんなにおかしな事ではないと思います。
獣医師によっては吸収糸でなければイケナイ・・というような誤解を招きやすい表現（理想はそうですが）をされる方もいますので、もしもその辺で意見の食い違いがあるようでしたら、後でつまらない事になるかもしれないので確認してみてください。
もしも、「使ってもいない糸が置き去りにされたまま出てきて、汚染の原因になっていた」というなら、世間の病院で問題になっている「うっかりミス」の類かもしれません。
コレなら、先方の過失として話し合う余地があると思います。
（勘違いなら「見解の相違」で、先方にも理があることになると思います。必ずしも「それ」が原因とは言いかねる？）

記録を残したら、まず、当事者同士の話し合いを。