ふだんから大雨や雷を嫌う子ですか?　だとしたら怖くて小屋のなかで落ち着いていられず外にいたのでしょう。大雨や雷にそれほど神経質でない子でも、たとえばぐっすり寝入っているとき雷の音で急に目覚めたりすると寝場所に不安を感じてそこを敬遠したりします。
なだめたら小屋に入ったのですから決定的にそこをいやがるような心理的なダメージのものではないと思います。何度も見にいくのはかえって犬を落ち着かなくさせますから、いつも夜は一人にさせておくのならいつも通りにそっとしておいていいと思いますよ。
雨や雷が原因でないとしたら・・・小屋のなかにムカデがいたとかガが飛び込んできたとか、笑い話みたいですがそういうこともけっこう犬をギョッとさせるみたいです。明日、明るくなったら念のために犬小屋のなかをチェックしてみてください。
毛を舐めていたとのことなので、もし同じところばかりをずっと舐め続けるようならムカデや毒虫に刺されたかもしれませんのでその部位が腫れていないか見てあげてください。そうではなく前足や肩のあたりあちこちを舐めていたのなら、濡れたのがいやで乾かそうとしているだけなのでご心配なく。シャワー代わりに雨を浴びるということは犬はしないと思います。

小屋の外にいて雨に濡れたことがそんなに気になるの?と感じる人もいるかもしれませんが、飼い主さんが「あれ? どうしたんだろう、おかしいな」と気づくことってとても大切だと思います。いつもと違う行動をすることになにか理由があるかもしれないし理由はまったくないかもしれないけれど、「いつもと違う」と気づけば犬が発するいろんなサインをキャッチすることができますよね。