ふやかしたフードに慣れてしまい、硬いものをイヤイヤしているだけだと思います。つまり選り好みですね。犬は飲み込めるサイズのものなら噛む必要はなしなので、小粒のパピー用フードは前歯でとらえて舌でノドに送り込む、それでいいんです。そのコツがうまくつかめなくて食べにくそうにしているだけ、ふやかしたのが欲しくて途中でカリカリをやめてしまっているだけ、、、だと思います。離乳直後の生後1ヵ月半くらいから仔犬は硬いカリカリのまま平気で食べます。ふやかす習慣を長く続けすぎてしまっただけで心配はないですよ。
下痢をよくする子だったのでお湯でほんの少しふやかしていたとありますが、その水分がかえって下痢を誘発する原因になったりもします。ふやかすのは口ざわりがいいだけのことで、胃に入ってしまえば硬いままのものもみるみるふやけますので消化の面ではふやかしたものも硬いままのものも同じです。仔犬にふやかしたフードを与えるのは、フードの匂いや味になじませるためだけのほんの数日でいいといえます。ふやかすほうが消化にいいというわけではないです。
永久歯が生え揃うのは生後6〜7ヶ月くらいです。乳歯から永久歯に生え変わる3〜4ヶ月間は硬いカリカリを食べることでしっかりしたアゴを作り、アゴや舌を動かすことが知能の発達にも影響します。食べにくそうでもがんばって硬いカリカリに慣れさせてあげるほうがいいですね。
こちらに、イヌの歯についてりんママさんが書かれたものがあります。ご参考に。
http://www.vets.ne.jp/faq/pc/dog008.html

離乳後長くやわらかいものばかり食べていると二重歯を招くことがあります。今はまだ生え変わり初期で獣医さんも判断しかねるかもしれないので、4月に入ったくらいの時点で一度歯のチェックを受けるといいと思います。