獣医師ではありませんがご参考まで。

　爪切りは、そこまでこじれているのでしたら、まず、肉体的な障害を防止するために病院で麻酔下または鎮静下で切ってもらうのをお勧めします。その後は、爪切りでなくヤスリを活用されてはどうでしょうか？　「パチン」という衝撃を嫌がっている可能性が高いと思われます。足を握って平気なら、ヤスリもＯＫかもしれません。このさい、約２０００円ぐらいと少々お高いですが、ダイヤモンドの粉を張り付けてあるヤスリをお勧めします。短時間で削れますから。

　吠えるのと音恐怖症は、どちらも生まれつきの強い恐怖から来ているように読めました。
　卒直にいって、「しつけ」のレベルの対応では、矯正は楽ではないと思われます。薬剤と行動療法（体系的減感作など）を組み合わせるのが一案ですが、ご自身で計画を立てるのはなかなか困難でしょう。専門家も国内に数人はおられますが（少なくとも、東京に２つ、大阪にひとつ、北海道にひとつ、専門家チームがあります）、専門家が取り組んでも、「恐怖」はもっとも難しいもののひとつと聞きます。
　まずは以下のような本をお読みになられてはいかがでしょうか。

「犬」サーペル編、森訳、チクサン出版
「犬と猫の行動学」オファレル、ネヴィル、ロス著、林監修、武部・工訳、学窓社
「うちの犬が変だ」ドットマン著、池田訳、草思社
「犬に精神科医は必要か」ネビィル著、竹内・竹内訳、講談社
「プロブレム・ドッグ」オファレル著、武部監訳、ペットライフ社
「イヌの心理学」フォックス著、北垣訳、白揚社
「ドッグス・マインド」フォーゲル著、増井監修、山崎訳、八坂書房
「愛犬の心理学」林著、世界文化社
「犬のココロを読む事典」ホフマン編、林監修、ＴＢＳブリタニカ