少々厳しいことも言わせていただきますが、
お気を悪くなさらないでくださいね。

まず子犬の選び方が問題だと思います。
実際にはどうなのか分かりませんが、
幾分衝動買い的な買い方のような気がします。
小柄でおとなしい子犬はいわゆる「良い子犬」ではありません
（どういうのが「良い子犬」であるかは割愛させていただきます）。
何らかの病気の可能性があることも考えに入れる必要があります。
ペットショップで子犬を買う場合、
「賢い消費者」にならなくてはいけないのです。

ワクチンについては、あまり早い時期に接種しても
母犬から受け継いだ抗体が残っている間は効果がありません。
まだ三ヶ月ということですので決して遅いわけではなく、
ペットショップ側が怠慢であるということはできないと思います。

腎不全については、
腎臓の機能低下の程度によって今後のことは違ってくるでしょうから、
なんとも言えません。

病気の可能性がある子犬を売るというペットショップの姿勢は
確かに許せないものがあります。
しかし、それをこの掲示板で話題にしても何の解決にもなりませんよ。
そのペットショップに直接掛け合ってみてはいかがでしょうか。