良く気を付けて育てていらっしゃると思います。

片睾丸（停留睾丸・陰睾ともいいます）やかんとん包茎も、奇形ということではありません。
お腹の中に残っている睾丸（たまたま）は、生殖能力に関しては、主治医の先生のお話も一理です。
そのお腹の中に残っている睾丸をとる場合には、メスの不妊（子宮卵巣摘出）手術と同じように開腹手術をしなければいけません。
繁殖をさせないので、繁殖能力はないので去勢手術の目的は達せられています。
病気予防からすると、お腹の中に残った睾丸は、高齢犬になると睾丸腫瘍の原因になるとも言われているようです。
生殖系の病気は他にもありますので、普段から体調などを管理されることである程度予防は可能と思います。

かんとん包茎については、プロキオン先生からもレスがありましたけど、言葉では判りにくいかしら。
人の場合も同じですから、書店で販売されている「家庭の医学」の泌尿器の疾患の項をご覧下さいね。
元に戻したアトの注射は、抗生剤（尿路感染症を予防するため？）なのでしょうか？
一度掛かり付けの先生となぜ注射をしているのかをご相談をされてみては如何でしょうね。
男の子の場合は、包皮炎なども起こしやすいので、黄色い膿が出ていないか時々おちんちんも気をつけてあげて下さいね。
　＃男の子を持ったお母さん