えむさんへ。
生後8週・・・かわいいでしょうね〜 (=^^=)

> 思い出して余計に寂しい思いさせてるのではないか？とおもってタオルは取り上げたほうが良いのでしょうか？

いえいえ、タオルは仔犬の心のよりどころです。そのまま持たせておいてあげてくださいな。何日かして新しい環境に慣れたら興味はどんどん他のことに移っていくと思います。仔犬自身がタオルに執着しなくなるまでは宝物にしてあげてください。

> 鳴き止んだのを見計らって、ゲージから出してますが（中略）早朝起きた時も同じように鳴いてますが「この場合の鳴き」の時も、出しても構いませんか？

「鳴き止んだら出してあげる」をするにはまだ早すぎます。今はキュンキュンヒンヒン鳴いたらスッ飛んでいってあげてください。母犬ならきっとそうするでしょう。「鳴き止んだら出してあげる」や「鳴いても無視」を始めるのはもう少し時間が経ってから。今はとにかく、新しいおうちが安心で、新しい人たちがやさしくて、なんにも不安はないことをわからせてあげてください。なにかを覚えさせたりしつけをしたりするのは信頼ができてからです。

> サークル内の物と仔犬の出し入れは、上からか出入り口からか・・どちらが良いのでしょうか？！使い分けはありますか？

「上から」でいいですよ。「抱き上げてトイレに降ろす」の上下移動でいいです。排泄をしそうになったときのタイミングを逃さないためには抱き上げるほうが素早く対処できますから。

> においやフケにたいなのが毛にたまってるので（人間の方のアレルギー予防に）今すぐ取り除きたいのですが、軽いブラッシングや暖かいタオルで拭くことは出来ますか？

してもいいですが、仔犬は皮膚の新陳代謝が活発なので、ブラッシングしても温タオルで拭いてもシャンプーしても、すぐにまた同じことになると思います。匂いというのは体臭? いわゆる動物臭、犬の匂いですか? 耐えられない異臭でなければその匂いに慣れたほうがいいのではないでしょうか。うんちやおしっこを踏んでしまったときは足先だけウェットティッシュでぬぐってあげてください。
フケは全身に大量に出ていますか? もしそうならブラッシングするとますます出てきます。その場合は栄養面など内科的に対策しないと。

8週齢くらいの仔犬の排泄は「したくなったらそこでする、出るから出す」です。排泄という行為をぜんぜん深く考えていません。自分の排泄物に匂いのメッセージがこめられていることにもまだ気づいていません。出した物の匂いを嗅がないのは普通です。だからトイレトレーニングのむずかしい子?と不安になる必要はないですよ。
しそうになったのに、いざトイレに連れていってもしなくて遊びモードに入ってしまう・・それもよくあることです。ちょっと気になる匂いがあって床をクンクンしてただけなのに人間が「あ、トイレ?」と早とちりした・・それだけのことです。10回のうち6〜7回くらいは早とちりしますね。残り3〜4回、タイミングよく抱き上げ〜空中移動してトイレに着地〜シーなりウンなり出す、それでやっとトイレのお勉強1回クリアって感じです。

ちゃんと育てなきゃってアセらないでくださいね。本に書いてある通りにはいきません。見聞きした通りにもなりません。仔犬と話をしながらゆっくり進めていけばいいと思いますよ。