ままこさんへ

今のように、犬を叩く事や怒鳴ることは手を怖がらせる悪影響はあっても問題は解決しません。
それと、犬に対してトイレトレーニングのやり直しだけの問題でも根本的な解決にはならないでしょう。
ワンちゃんがマーキングを始めた一番の原因は環境の変化だと思いますから。

結婚妊娠出産など環境の変化といっても様々ありますが、
１．独身時代の犬との関係
２．結婚して夫婦と犬だけの環境
３．妊娠中による環境の変化　　
３．産後すぐの環境　
４．新生児が加わった環境

人と犬の双方の飼育環境を見直す必要があるように思います。

お散歩は十分な時間させていますか？
スキンシップ（グルーミングなど）、毎日されていますか？
赤ちゃんとワンちゃんの関係（接触）はどうですか？

人間の子供も弟や妹が出来た場合に、母親の注意を惹く為に、赤ちゃん返りすることがあります。
お母さんは、下の子に手が掛かるので、上の子には、「お兄（姉）ちゃんだから。」と我慢をさせるようになり結果、子供が精神的に安定をしなくなると、お漏らしやおねしょなどのトイレの失敗が始まったり、指しゃぶりや爪かみなどの自傷行為、あるいは、自分より弱者を虐めるなど暴力的行為が始まることもあります。

犬の気持ちになれば同じように、後から見知らぬ侵入者（赤ちゃん）が来て自分のテリトリーを侵害しているので、一生懸命に自分の縄張りを主張しているのですね。
飼い主側の気持ちにゆとりがなければ上手く出来ることも出来ないこともあるでしょう。
床材が腐って困るなら、犬の住環境を変えること（床材をビニル床材などに変える）こともありだと思いますよ。
ままこさんも犬も「どうして、できないの！」とイライラするより、「拭けば済むんだから、まぁ良いか。」と思える環境作りを整える方が気が楽になりますよ。

その上で、再トイレトレーニングについては、パールちゃんやけりーずはうす先生からレスがありますので、ご参考にされると良いと思います。