さおりんさんへ。
家の中あちこちにご主人の匂いがある、でも親しくするわけでもなく、かといって敵対するわけでもなく、いったいどう接すればいいんだろう・・・と困惑しているんだと思います。そのうえでのマーキング行為でしょうね、わたしはこういう者です、あなたはだれですか?　あなたはわたしにやさしくしてくれますか?　と聞いているんだと思います。
かわいがってもらうことをご主人に望めないとしても、ご主人がどういう存在であるのかを犬にわからせてあげるほうがいいでしょうね。
大好きなおかあさんがその人に心を許している・おねえちゃんも同じ、、、だから「あの人」のことは警戒しなくていいんだとわからせてあげるようにします。さおりんさんや娘さんがリラックスしてにこやかに「あの人」に接するのを見ることで犬は警戒を解いていくでしょう。
できるなら、たまにでもいいですし、さわらずに離れたところからでもいいですから、ご主人に犬に名前を呼んでもらってください。怒るような口調ではなく、「おーい、○○〜」とからかって呼ぶだけでいいですから。名前を呼ばれて犬が反応したらすかさずさおりんさんが「いい子ねー」とフォローの声をかけてあげてください。こうすることで、警戒する必要はないし恐い人ってわけでもないなと犬はご主人の存在を理解していくと思います。仲良くするわけじゃないけれど気を許す存在になれれば、ご主人に向かって「う〜〜」と唸ることはしなくなるでしょう。
ご主人の物の上への排泄をけして叱らないでくださいね。これはご主人にもお願いしておいてください。