残念ですが、ゼロになることは期待しない方がよろしいでしょう。
ただ、回数や場所の減少の効果は期待できます。

たとえば、家の中でマーキングをして困るということでしょうか。では、家の外ではどうでしょうか。
オス犬にとって、マーキングは自然の本能から出てくる行動なのです。マーキングを去勢手術を行なわないで
させないようにするには、まずし始めた生後6-7ヶ月の頃に徹底的に「ノー｣と言わなければなりません。
その代わり、しても良い場所を与えてあげます。
それは、散歩中でもいいですし、家の中にそれ専用の場所を設けてあげてもいいでしょう。
「マーキングしたい」という欲求は少なくとも満たしてあげる必要はあります。
全てを「ノー」とういうのは酷な話です。

また、今はマナーベルトといって、オス犬がドッグカフェなどに出入りする時に、マーキングしちゃう子は予めお腹に巻いて置く
タイプのものもありますよ。そういったものも利用なさってみてはいかがでしょうか。

また、生活の中でも原因があることがあります。
たとえば、家の中ではいつでもフリーで、家全体が彼の縄張りとなり、自分がこの家を守らなければと思っている場合です。
これは、も犬がリーダーとなっている場合は、その犬は家を守る為にとても気を使っていてストレスとなっているというものです。
ケージに入れ、動きを制限することで縄張りを小さくし、人がきちんとリーダーになればマーキングして家を守らなくてもよいと思うのかもしれません。

逆に、お留守番が多く、人との接触が少ないことをストレスに感じているということもあるかもしれません。

犬との生活なども見直してみてはいかがでしょうか。