＞今までが放飼いだったので、正直ゲージに入れてお留守番させることは私自身抵抗があるります。
ケージに入れることを「閉じ込める｣と思われれば抵抗を感じてしまうかもしれませんが
そうではなく、「自分の身を守れる場所」と思えば、違った見方ができませんか？
本来、イヌ科の動物は子犬を土に穴を掘って育てます。
それはやっと体勢が変えられる程度の狭くて暗い空間です。
実際に、子犬など不安になると暗くて狭い場所、テーブルの下や足つき家具があればそこの下などにもぐってしまいますよね。
「暗くて狭い場所は安全」ということを本能的に知っているのですよね。
つまり、犬にとってみれば、家の中に自分を守ってくれるリーダーという存在がないのであれば
ケージという囲われた場所に入っている方が「安心」ということかもしれないのです。

もちろん、最初は慣れなくて不満を言うかもしれませんが、だいたい１週間前後で治まってきますよ。

雷が怖くてパニックになると相談を受けた同じゴールデンの飼い主さんに、ケージをバスタオルなどで囲っていただくようにしてもらったところ
怖がって震えはするけれど、パニックになるのは治まったといわれたこともあります。
全ての犬に当てはまるかは分かりませんが、やはり「安心」という場所であれば、落ち着くのだと思いますよ。

ご参考までに。