それだけの怪我をしていたのであれば、なおのこと「恐怖」に結びつく記憶があるのかもしれませんね。

これは直接は関係ないことなのですが、友人の病院では男女の痴話喧嘩に巻き込まれた犬が鎌で首を切られたいう症例がありました。喧嘩で怒った男の方が鎌で女の犬に切りつけたというものでした。男は「俺の犬ではないから」が理由、女は「私がやったわけではないから」という理由で、二人のどちらも治療費を払おうとはしなかったそうです。
このような事でもあれば、犬でも猫でも事後にも「恐怖と不安」を抱えて生きていかなくてはならないかもしれませんね。
でも、逆にこの獣医師広報板に訪問されていたmtori さんのところのように両方の前足を骨折していた捨て犬が道をさまよっているのを見かけて、４日がかりで再び探し出して保護されたという例もあります。人間が救いの手を差し伸べてあげる事もまたできることなのではないかと思います。

行動学療法とは別になりますが、あまりに人間に警戒心をもっていて接近できない猫というのは、押入れや天袋等がある部屋もしくは隠れ家を多くこしらえた部屋で１人で静かに暮らしてもらうというのもあります。
猫も決して馬鹿ではありませんから、世話をしてくれる人間には必ず心を開いてきます。
お話の様子では普通に暮らしていたのに　何かしらパニックの引き金がひかれてしまったということのように感じられますので、猫が１人きりになれて怯えないで済む時間と空間を確保してあげていけば、落ち着きをとりもどすことができるかもしれません。この場合は人間から無理に働きかけないで、猫が今の家での生活を自分から選ぶのを待ちます。
私はケージに閉じ込めて飼育するというのには賛成できかねますが、相談できる行動療法の先生がいらっしゃるのであれば、まずは、そちらの先生に相談されるのがよろしいかと思います。