＞そこで質問なのですが、真の陽性だった場合、検査時の血液の状態によって
検査キットの色が濃くなったり薄くなったりという事はあるのでしょうか？

理論的には、血液の状態だけでなく、検査キットの状態でも、微妙な違いが生じる可能性はありますが、そのためにコントロールスポットが設定されていますから、普通はそのようなことは考える必要はないでしょう。
一般的には、ＦＩＶの場合は抗体検出キットですから、スポットの発色の程度はもっている抗体の量に依存していると考えられるのではないでしょうか。真の陽性であれば、２ヶ月程度では、特別な処置でもしていないと大きな変動はないと考えられます。

＞また、疑陽性だとしたら生後６ヶ月くらいで移行抗体は完全に消滅するのでしょうか。
もっと長く残ってしまうケースもあるのでしょうか。

これはおおよその目安ですから、この６ヶ月が絶対という数値ではありません。ただし、この検査キットを製造している機関が発行している解説書でも　母猫からの移行抗体に反応してしまうケースのことを取り上げていまして、その中でも一応半年くらいでの再検査をしてくださいというように記述されていますので、このあたりの数字が多いということなのではないでしょうか。
それ以上残存するかもしれない事例というのは、数多く検査をしている病院とか、この大元の検査機関に尋ねてみないとわからないと思います。

＞もう少し経って検査をすれば、白黒はっきりするのでしょうが、先住猫と早く同居させたい為に、ヤキモキしてしまっています。

お気持ちはわかりますが、こちらが焦ったからと言って、結果が変わるものでもありませんし、飼い主さんの気持ちが猫に伝わってしまうことの方が心配ですよ。
移行抗体による悪戯ならば、いずれ陰転してくれますよ。