実際に見ていないので、これは何ともコメントの付けようもないのですが。

まずは、今の病院はどの程度ウサギに詳しいのでしょうか。
お住まいの地域の中ではウサギを良く診るという病院なら、正直言って
これはウサギさんの運命かと。
そうでなければ下記サイト等を参考に、ウサギをもっと良く診る病院があるなら
セカンドオピニオンを求めても良いでしょう。
http://homepage2.nifty.com/usausa/
一度は「連れて帰りますか？」と聞いたようですので、その時点で病院側は
温存療法を採っているのかな？と思います。温存療法とは、なるべく全身状態
をよりよく保ってウサギさんの生命力に託す、と言う意味です。
先生にエンセファリトゾーン症を考えて、投薬をしているのかを聞くことも
大切かと。フェンベンタゾールを投与しているか聞けるものなら聞いてみては。
それも視野に入れてのことなら、獣医さんはベストをつくしています。

ウサギに限らず、今の獣医療は日々進歩していますが、それが全国の獣医さんに
いきわたるには数年を要します。
だからこそ、飼い主が積極的に動かなければ愛兎を守れないこともあるのです。
良い獣医さんなら、飼い主の積極的姿勢を嫌うことはありません。
ただし、感情的になってはダメですが。
冷静に「こういう方法があるようですが、先生はどう思われますか？」と
聞くことです。
獣医さんも日々色々な経験から、考えた上での治療を一生懸命しています。
ですから、否定的になっては失礼になりますね。

もしこれはと思う病院があるなら、転院も飼い主さんの考え方次第です。
重篤だから動かしては命を縮めるだろうと考えるのか、例えそうでも
もしもを考えて転院させるか。
ご自分がどのようにすれば、万が一の時に後悔がないかを目安に考えられると
良いと思いますよ。
こういう時、掲示板では実際のウサギさんの状態がつかめませんし、病院の事も
飼い主さんと獣医さんの関係も分かりません。ところがそれが一番大切な事なの
ですね。ですからハッキリとアドバイスできないことが多くて、ごめんなさい。