多くの飼い主さんが経験されていますね。
１歳未満までちゃんと出来ていたのに、ある時期からトイレ以外の所で
おしっこやウンチをしてしまう。
みなさんの　おっしゃるように一過性の事もありますし、トイレに
問題がある（最近トイレを変えたとか位置を変えた等）こともありますね。
ちなみに我が家の子達はトイレが汚れると、トイレの外にすることがあります。

それ以外には、ある意味成長して行動範囲が広がったせいじゃないかと
思っています。ウサギはオスメスともテリトリーを持つ動物です。
我が家のウサウサずも　みなさんのところと同じに家中放し飼いですが、
眺めているとテリトリーにはパブリック（公共）の場と、プライベート
な場がある気がします。パブリックなスペースには排泄はしない。
でも「ここは自分の！」って言うところにはするんです。
我が家では人間が留守中の時にいるサークルの中のトイレと、リビングの
長ソファがプライベートな場らしいです（＾＾；；
ほとんどの場合はトイレに戻ってしていますが、１日１回はソファーに
する。した後のにおいの確認もしていますから、これは縄張り確認の
においつけと同じだと思っています。それ以外の場所ではしません。
（ソファはビニールを敷いて、ソファカバーをかけ、トイレシーツを
敷いた上にベッドパッドを敷いて、ソファ自体が汚れるのを防いでいます）

ここまで決まるまでの一時期、あちこちにした時期がありましたね。
そのうち「サークルのトイレ」は通常のトイレ、プライベートな場所が
ソファと決まると、それ以外ではしなくなりました。
困るところでする場合は、した後をしっかりふき取り匂いを消す。
排泄をしそうになったら、すかさずトイレに連れて行く。
トイレでしたら、大げさにほめまくる。
これである程度躾けることは出来ます。
「大人になったんだねー（＾＾）」って見守ってあげながら、
一緒に暮らすお約束事を教えてあげてくださいね。