経過を教えてくださって、本当にありがとうございます。
ネットだと、その後の様子を心配するばかりが多いので、お知らせいただけるととてもうれしいです。
我が家もこの夏で４歳になるウサギ達ですので、私もまだまだ新米飼い主です。
掲示板にいらっしゃる多くの方々に助けられているんですよ。

経過を拝見するに、飼い主としては出来るだけの事をされているように思いますよ。
決してお世話の仕方が悪いわけでも不注意なわけでもありません。
子育てと同じに、飼い主もウサギさんと一緒に色々経験しながら育っていくのですから。
それぞれのウサギさんの性格もあるので、その子に一番あったお世話の仕方は、やはり飼い主さんが一番分かることだと思っています。
お野菜に関しては、下記のサイトなどご参考になさってくださいね。
http://www.h4.dion.ne.jp/~hirorudo/tetyou/t07/syokuji.html

あと思いつく事としては「言い聞かせる」「ほめたおす！」という事でしょうか。
元気になってもらうためには、抱っこも投薬も必要ですが、ウサギさんは「いやだ！」(笑）
ウサギさんは知能の高い動物です。
ですから投薬をする前には「お薬の時間ですよ」と言っておきます。
そのうち「お薬の時間」と聞くと、ダッシュして逃げますけどね（笑）
そして終わったら、ひたすら「お薬飲めたね。すごいね。いいこね」となでまくり、褒めまくってから放します。決してウサギさんを怒らせたままにしないことが大切かともおもいます。
我が家では、隅に行って怒りのホリホリや足ダンをしたら、再度抱き上げて「いい子はそんなことしないの。」とやっていますよ。
ウサギはかなり高い知能がありますので、きちんと話す事が大切だと思っています。

話はちょっとそれますが、先日獣医さんに行った時の事。
我が家は片方だけ診察でも、必ず２匹一緒に連れて行きます。
その時もオスの方だけの診察予定でしたが、どうせついでとばかりに「ではこの子はどうでしょう？」と急遽診てもらうことにして、診察台に乗せました。
その時の顔ったら（笑）　
そうしたら先生が一言「あらら。何で私がって言ってるわ。急なので、心の準備が出来ていなかったのよねー」とおっしゃいました。
犬ほどではなくとも、かなり知能の高いウサギさん。ちゃんと分かるんですよね。

あとは、この掲示板の名言。「誰にご飯を食べさせてもらっているんだ！」と、ウサギさんに遠慮しない！　です。（笑）
ウサギさんに対して遠慮をしてはいけません。犬程の強い社会性は持ちませんが、ゆるい群れという社会性を持つウサギさんですので、飼い主はボスでなくてはいけません。
ウサギさんに嫌われたくないあまりに、遠慮ばかりしていると、わがままウサギさんになってしまいます。
もっともミミィさんのウサギさんは「ママ　それイヤッ」ってちょっとすねている位の様ですから、「でもお薬は必要よ」「はいはい。イイコね」と流してくださいね。
決して嫌われているわけでも、信用していないわけでもありませんよ。
本当に信頼していないなら、フンっなんて意思表示をせずに、ゲージの隅に逃げていってしまいます。
飼い主さんは心の中ではハラハラ心配しながらも、ウサギさんに対しては「私がいるから大丈夫！必ず治してあげるからね！がんばろうね！」と笑顔でいてあげてくださいね。
人間の子供と同じで、飼い主が不安になるとウサギさんも心もとなくなりますからね。