エンセファリトゾーン（ＥＺ）については、おっしゃるとおりに民間ベースでやっているので、お値段がかかりますね。現在国立予防研究所も動き出しているようですが、どこまで進んでいるのかは不明です。

で、民間ベースの検査結果ですが、確かに検査結果が示唆するのは「エンセファリトゾーンに対する抗体があるかないか」だけです。抗体とは、足跡のようなものです。
足跡から分かることは
1）足跡があるが、泥棒はすでに逃げた。
2）今現在いるけれど、隠れている。
3）ただいま活動中。
の３つです。確実にいるとは限らない。
もっとも1）は少ない気がしますが、研究発表はありません。
また、もし何らかの症状が出ている場合でも、検査結果を持って「ＥＺが原因である」とは、決められません。もしかしたらＥＺは不活性で、症状の根本原因は他にあると言う場合もあります。

また陰性であったとしても、罹患してすぐには抗体が出来ていませんから、マイナスの事もあります。正確を期すなら、２回ほどした方が良いのかもしれません。
（ですから、我が家のシジミは数年前にマイナスでしたが、過日のタラコ唇事件の時は、先生は再度検査しました。ここでもマイナスでしたので、今のところ罹患していないと思っています。マイナスを維持しようと思うと、他のうささんとのふれ会わせる事は出来なくなります：笑）
また研究会の先生のお話では、「どうも罹患していても上手く隠れて抗体反応が出ない時がある気がする」と、最近おっしゃっています。
このように、ＥＺに関しては発展途上で、決定打は出ていません。
確実にＥＺと言えるのは、あくまでも死亡後の病理解剖でＥＺの虫体が確認できた時だけです。

ともあれ「では健康体のウサギに検査の必要はあるか」という事ですね。
これは飼い主さん次第だと思います。
ＥＺキャリア（ＥＺを持っている）だとしても、一生発症しない子もいます。
ちょうど「ウサギのメスは、婦人科の病気のリスクが他の動物に比べて格段に高いので、避妊すべきかどうか」と言うのと同じです。一生病気にならない子も多くいます。
ただリスクが高いという事だけです。

リスクが高い事を確認しておきたいなら、検査もお世話する上での一助になるでしょう。
そういう病気があるという事を頭に入れておいて、注意して飼育していくから検査はしない、でも良いと思います。
あくまでも飼い主さんの方針で良いと思いますよ。