ひとまずお腹の方は快方に向かっているようで、何よりでした。

何度も受診しているので、皮膚的トラブルはないと思うのすが、一度その点も獣医さんに確認してみてくださいね。皮膚が炎症を起こしていたり、ダニがいる等でむしってしまう事もあると思いますので。
その点が無い場合に男の子が毛をむしるのは、やはり何らかのストレスかもしれません。
以前は昼間も人がいて、長時間ケージから出ていたり、しょっちゅう飼い主さんが構っていたりしたのでしょうか？　そうであれば、環境の変化という事で考えられる事ではありますが、通常昼間長時間人がいなくても、ウサギさん本来のサイクルから考えれば、それがストレスになるとは思えません。昼間のウサギさんは、じっとしている時間ですから。
またずっとケージ飼いならば、スペースが小さくて…と言うのも、あまりないとは思います。もしスペースが問題になるなら、ショップのウサギさんやブリーダーのウサギさんは、はみんな同じ症状になるはずです。
でも何がストレスになっているかは、一つ一つ原因になる事を検討していくしかありません。またストレスの発散方法を考えなくてはなりません。
試しにケージに接続してサークルを増設し、今より広いスペースを自由に出入りできるようにしてみますか？　わらトンネルや牧草ボールなど、遊べるものを増やしてあげる事も出来るでしょう。
獣医さんと相談しながら、ご夫婦であれこれ工夫をしてみてくださいね。
それでも同じ事が続くなら、直前に投稿したミニうさぎのママさんへのお返事内容も、検討する必要もあるかと思いますよ。