人間においては、胃が弱っていたり胃下垂だったりで水分が腸に順調に送られないと、ちゃぽちゃぽ音がすることがあるようです。腸の一部にもそうした場所があるという話です。ゆるいフンが出るとの事ですから、やはり胃腸の動きがいまひとつなのかもしれませんね。

お腹の音と膀胱の関係は分かりませんが、尿タンパク250とか1000は「+++」「++++」ですから、人間ならすぐに疲れてしまい動けません。
（うちの息子が小学生の時、病後どうにも回復せずに寝てばかりで、検査をしたらタンパク「++」、潜血反応ありで即入院。急性腎炎との診断でした。）
ウリエースを使う時に「フンに接触させないように」「ペットシーツは使わないように」と言われるのは、万が一潜血反応が出ても、それが尿由来か、その他が原因かが分からないからと認識しています。タンパクに関しては、フンやペットシーツでの誤反応があるのかは、浅学にして知りません。

できるだけ綺麗な尿を取るには、まずトイレをきれいに洗います。
ペットシーツやトイレの砂やチップを入れず、トイレが空の状態でウサギさんがオシッコをしたらすぐにどかして採尿します。（普通オシッコをしてからフンをしますので。オシッコをする時の姿勢は分かりますね？しっぽをクイッと上に上げますでしょう？）
採尿するには、シリンジ（針の無い注射筒）か、文房具屋さんで売っているスポイトがあれば便利ですが、手軽なのは１００円均一で売っているお弁当用のおしょうゆ入れです。
あれを指で押しつぶして、オシッコを吸い上げます。それを雑菌が繁殖しないように、保冷剤でも添えて（凍らない程度に）病院に持参します。
なるべく朝の新鮮なものが良いですが、前の晩のものでも大丈夫でしょう。
（我が家では万が一の為に前の日にも採尿。驚かれるかもしれませんが、冷蔵庫で保存していました。翌朝新鮮なものが採れれば、前の日のものは廃棄処分です。）
それとウリエースを使う時は、判定時間をしっかり守ってくださいね。
つい何度も眺めてしまうのですが、経験上時間がたつほどに色が濃くなってきます。
判定時間をきっちり計って、その時点での色で判定してください。

万が一、病院での尿検査でタンパクが認められた場合は、詳しく検査をして腎臓病ではないかどうかを、しっかり診る必要があります。
もちろん血液検査でも、クレアチニンの数値を見て、腎機能の程度を判定します。
尿検査は、どんな腎臓のトラブルかを予測できます。人間では試験紙の反応を見るだけでなく、顕微鏡で一視野の中にどんなものがどれくらい出ているかを見て、判定をします。きっとウサギさんでもできるのじゃないかしら。
両方の検査でいよいよ怪しいとなったら、毛をそる事をためらうより、詳しい検査をして腎臓病かどうか、どんなタイプの腎臓病かをしっかり診ていただいた方がよろしいかと思います。

普通タンパクが出ているというのは、腎臓のろ過器である糸球体が壊れていて、そこからエネルギーであるはずのタンパクが漏れ出していると言うのが、一番多く考えられる事です。
人間でも風邪など引いて、一時的にタンパクが「+-」あるいは「+」になることはありますが、回復すれば「-」になりますし、尿検査で詳しく見ればさほど出ていないものです。
もし尿検査でタンパクが高い数値なら、腎臓がどうなっているのか人間でもエコーかCTです。レントゲンは水が入っているような腎臓を詳しく調べるには不向きです。
人間が胃のレントゲンを撮るときは、バリウムを飲むでしょう？　そのように造影剤でも入れれば別なのかもしれませんが、腎臓病が疑われる時はかえって腎機能を低下させる危険性があるように聞いています。

また腎臓病を疑われた時は、なるべく早く的確な診断をして、必要ならば対処療法に入らなくてはなりません。
というのは、万が一糸球体腎炎であった場合はどんどん破壊が進み、一度破壊された糸球体が治る事は無いからです。なるべく早く治療に入り、なんとか食い止めなくてはなりません。
腎臓病といっても、色々ありますから、そのあたりをじっくり調べる必要があります。
下記は人間のサイトですが、基本は変わりませんので、ご一読なさると獣医さんの説明が理解しやすくなるかもしれません。
http://plaza.umin.ac.jp/~kidney/kennyonoijo.html

ともあれ、最悪の腎臓病を考えて、早めに必要な検査をなさる事が、ウサギさんのためにも飼い主さんのためにもなると思いますよ。
結果、なんともないことを、心より祈っています。