まだ幼いウサギさんですから、本当に困ったことですね。
獣医さんがおっしゃるように、生後１・２カ月のうちに不正咬合というのはあまり考えられませんね。（絶対ないとは言えませんけれど。）
お話を読んでいて考えられる事は２つ。

１つは牧草アレルギー。ウサギさんにないとは言えません。
お使いの牧草はどこのものでしょう？　　各メーカーとも安全基準はしっかり守っておりますが、完全に無農薬かどうか、特に輸入物は長期の移動保管による微妙な品質の変化といったものが、大変敏感なうさぎさんにとっては作用するのかもしれませんね。試しに国内産の完全無農薬生牧草などを与えてみて、同じような症状が出るかどうかを試してみるのも一考です。
もっともペレットがチモシー原料ならば、ペレットを食べてもアレルギーは起こるはずですね。

もう一つは、口内炎。
牧草を食べるとひどくなる。つまり横にすりつぶす動きが出るとよだれがひどくなる。
同じ横すりつぶしでも、野菜は柔らかいのでさほど影響がないのでしょう。
臼歯（奥歯）のわきの下の方、ふつうは隠れて見えないようなところに口内炎が出来ていて、柔らかいものなら突き刺さらないけれど、牧草などだと硬い部分が患部をこすってしまって炎症をひどくする。そういった意味では、長いままの牧草を与えた方が無難かもしれません。
一方ペレットは「すりつぶす」のではなく「噛みつぶす」ので、さほど刺激がないのかもしれませんね。

よだれは左右どちらかが多く出ていませんか？　もし左右どちらかが多いようなら、そちら側に何かあるのかもしれません。もう一度舌の付け根やほほと歯肉との合わせ目などの深いところまで、良く診ていただいてはどうでしょう。また食欲が落ちた時は、口角炎（唇の合わせ目）になっていないかも、見てくださいね。

横道にそれますが、現在私も口内炎３週間目です。薬は使っているのですが、どうも体力が落ちて抵抗力が弱くなっているのかもしれません。なかなか治ってくれません。
それと同じ事が、生後１・２カ月の子ウサギにも言えます。
生後１カ月くらいまでは、母乳に含まれている成分が子ウサギの免疫力を高めていますが、それを過ぎるとその免疫力が消えてくる時期にはいります。（だからこの時期のお腹壊しは怖いのです。）もし口内炎ならば、時期的に抵抗力が落ちているので長引いているというのもあるかもしれませんね。