前回の病院では、様子を聞いて「まず膀胱炎で間違いないだろう」とお考えになったのかもしれませんね。それで抗生物質を処方されたのだと思います。
規定の日数飲んだ後に、尿検査で細菌が消えているか確認したかもしれません。
ただし、これは良い方に考えた場合。
最後にきちんと尿検査をして確認してくださらないと、ちょっと怖い事に。

今回お薬を途中でやめてしまったとのことですが、もし膀胱炎だった場合には、途中で薬をやめてしまって細菌が生き残っていた場合、下手をすると細菌が耐性（薬に平気になる）を持つ事があり、以降再発してもお薬が効かなくなってしまいます。
これは人間も同じで、膀胱炎の場合は「きちんと薬を飲みきること」「細菌が消えたか尿検査する事」が大変重要になります。

また潜血反応があった時は、第一に膀胱炎を疑いますが、時として婦人科系の病気の場合もあります。そのあたりは、うさぎを良く見る獣医さんでないと、難しいかもしれませんね。
という事で、別の病院へ行ってみるのも一方法かもしれません。

ただし、薬を飲ませるのは、あくまでも飼い主さんです。毎日注射に通って、というわけにはいきません。粉薬にしても、水薬にしても、工夫して与えるしかありません。
今では我が家もシリンジ（注射筒）で与えてしまいますが、以前はあれこれ苦労しました。粉薬をバナナで挟んだり、ねってシソで巻いたり、ペレットをふやかして薬を混ぜたり。挙句は硬めにねって小さな団子にして、口の中に押し込んだり（＾＾；；
そのうちこちらも疲れてしまって、どうせお互い疲れるなら、きっちり保定してシリンジで一気に押し出したほうが早いと考え、「お薬は飲まなきゃダメ！」と強い姿勢で臨みました。
保定の方法や、シリンジでの与え方など、獣医さんに教えていただくと良いですよ。
始めはお互いドロドロベタベタになるかもしれませんが、少しでも飲めたらめちゃくちゃ褒めてあげてくださいね。お互い慣れが必要です。

話はそれますが、まだウサギさんが小さいうちに、シリンジでおいしい野菜ジュースなどを与えると、ウサギさんがシリンジに慣れて「シリンジ＝おいしいもの」と思ってくれるそうです。もっと早く知っていれば…我が家はシリンジでミルクを与えた人工哺乳なので、惜しい事をしました。

投薬は皆さん苦労なさいますが、可愛いうさぎさんの為に、頑張ってくださいね。