若馬と言っても何歳なのでしょうか？
馬にも個体差がありますので、成長の仕方が色々です。
食事や栄養、、運動の量や方法などでも違ってきますし、腰が弱っているようですと時間的な問題も出てくるでしょうから、難しいですが、普段の運動が何でも筋肉を鍛える事になると思いますよ。
乗馬馬なのかペットの様な飼い方をしているのか、障害馬、馬場馬なのかでも運動の仕方は違うでしょうしね。
腰の痛み具合にもよりますが、それによって後肢の出方が悪いとすれば、問題が違ってきますし、蹄の様子などでも違ってきますし。実際に見ていない場合、何処までして良い等のアドバイスもちょっと難しいですから、もし乗馬の先生に付いていらっしゃるのでしたら、実際に見ていただきながらの指導が一番良いと思います。
若いうちは外産馬、内国産馬でも環境が違いますので、競馬馬上がりだと結構痩せていたりしますから、その辺もどのような生い立ちかが判るともっとこちらにも判り易いかも知れませんね。
馬の筋トレって余り聞いたことがないような気がしますが(*^_^*)体全部を動かしてそれによって徐々に体が出来ていくと言う方があるような気がします。