＞常勤の獣医師さんは1年以上、週１で来てた獣医師さんは３ヶ月くらい前からきていないようです。

この状態だけで、診療施設の開業届出条件を満たしていません。本来であれば、診療施設の廃止届けを提出しないとならない条件になってしまっています。
診療施設では、最低１名がいないとなりません。兼任は１名ではなく、０、５人と数えるのが行政の数え方です。

＞薬の入手に関しては獣医師さんがいないのですが、以前と同様薬品会社から購入しています。

獣医師不在を承知しているのであれば、そのディーラーも薬事法に抵触してしまいます。

＞フィラリアの薬は一般の方に処方してますが、一般の方への注射等は確認していません。

要指示薬を他の方へ販売しているだけで、すでに薬事法と獣医療法違反に該当しています。

自己所有の動物への治療云々は、よく言われる言い逃れ理由なのですが、では、自分の子供であれば、親が治療してもかまわないのでしょうか？　医師法はそのような行為を認めていません。「業として」とか「反復して」という法律上の文言はありますが、法律用語の解釈を司法の場で問うという場合は、必ず類似の法律を参考として照らし合わせます。
「行為」そのものが禁止されているというのが、素直な解釈なのではないでしょうか。
よく用いられる動物は法律上器物であるから、かまわないという理屈なのだと思いますが、そういう理屈を言ってしまうこと自体が、そこまでの理念しか持ち合わせていないということを自ら語ってしまっているように思います。