環境の変化は確かにストレスになりますが、危険な物を排除するのは、ストレスに優先されると思います。またどの程度ストレスに感じるかは、個々のウサギさんの性格によるようですよ。
先にトイレの変更をしようとされたようですが、その方がウサギさんにとっては難しいかもしれませんね。スノコを気にするとすれば、動くたびにガタガタいったりゆれたりはしていませんか？そうした事に不安を持つウサギさんは多いと思います。
そうでなければ、さほどウサギさんは気にしないと思いますよ。

ウサギさんは個性差がとても大きく、バラエティ豊かです。
とても神経質なウサギさんもいれば、多少の事には動じない大物もいます。
環境が変わって戸惑っているウサギさんには、いつもより多めに声をかけてあげたり、なでてあげたりしてくださいね。飼い主さんの心配した様子は、ウサギさんに伝わります。
病気の時の看病でも、飼い主が不安な様子を見せず、「大丈夫。ママがついているからね！」と言う態度が、ウサギさんを安心させます。人間の子供と同じです。
言葉はわからなくても、声の調子で理解します。
我が家のウサギは、子守唄で寝ますしね（＾＾）それもお気に入りの歌があるのです。
どうかたくさん声をかけて、ストレスを軽減してあげてくださいね。